Abstract The spotted rose snapper, Lutjanus guttatus, is an important fishery species with high potential for aquaculture. Genetic characterization of its natural populations is necessary to avoid stock collapse and loss of genetic diversity. Previous studies carried out in the Tropical Eastern Pacific (TEP), however, have shown contrasting results in the genetic structure of fish populations, particularly in species of Lutjanidae. Therefore, to understand the genetic structure of spotted rose snapper in the TEP, twelve microsatellite loci were used to assess the genetic diversity and explore the hypothesis of population genetic structure in samples of the species collected throughout the TEP. Fin clips from 186 sampled individuals (27 to 49 per site) were analyzed from five sites in the three regional biogeographic provinces, delimited by shoreline reef habitat breaks: La Paz (Cortez province), Colima and Oaxaca (Mexican province), Chiriqui and Port of Panama (Panamic province). Results of global Analysis of Molecular Variance (AMOVA), population pairwise FST, hierarchical AMOVA, and a discriminant analysis of principal components (DAPC) reflected a panmictic population involving the entire set of sampled sites. The role of larval dispersal, post-recruitment migration, and marine current dynamics as drivers of genetic connectivity in this species is discussed.

Resumen El pargo lunarejo, Lutjanus guttatus, es una importante especie pesquera, con alto potencial para la acuicultura. La caracterización genética de sus poblaciones naturales es necesaria para evitar el colapso del stock y la pérdida de diversidad genética. Sin embargo, estudios previos realizados en el Pacífico Oriental Tropical (TEP), han mostrado resultados contrastantes en la estructura genética de poblaciones de peces, particularmente en especies de Lutjanidae. Por lo tanto, para entender la estructura genética del pargo lunarejo en el TEP, se usaron 12 loci microsatélites para evaluar la diversidad genética y explorar la hipótesis de estructura genética poblacional en muestras de la especie colectada a lo largo del TEP. Se analizaron fragmentos de aletas de 186 individuos (27 a 49 por sitio) de cinco localidades en las tres provincias biogeográficas regionales, delimitadas por las discontinuidades de hábitat de arrecife costero: La Paz (Provincia de Cortés), Colima y Oaxaca (Provincia Mexicana), Chiriquí y Puerto de Panamá (Provincia Panámica). Los resultados del Análisis de Varianza Molecular (AMOVA) global, FST de poblaciones pareadas, AMOVA jerárquico y un análisis discriminante de componentes principales (DAPC) reflejaron una población panmíctica que involucraba todo el conjunto de sitios muestreados. Se discute el papel de la dispersión larvaria, migración post-reclutamiento y la dinámica de las corrientes marinas como propulsores de la conectividad genética en esta especie.

Resumen: Antecedentes y Objetivos: Los individuos de Balmea stormiae (Rubiaceae) son árboles o arbustos hemiepífitos que habitan malpaíses con bosques de pino-encino en poblaciones disyuntas en Centroamérica y México. La especie se considera en peligro de extinción y particularmente se ha documentado que las poblaciones de Michoacán han estado expuestas a fuertes presiones antropogénicas. Por tal motivo, en este estudio se estimó la diversidad genética en cuatro poblaciones de Michoacán, contrastando esta información con la obtenida en una población de Jalisco, ambas regiones ubicadas en el centro-occidente de México. Métodos: Las muestras vegetales fueron recolectadas en cinco poblaciones de la región occidente del Cinturón Volcánico Transmexicano. Para evaluar la diversidad genética, se utilizó el intrón rps16 del ADN de cloroplasto, el espaciador transcrito externo (ETS) del ADN ribosomal nuclear y marcadores dominantes ISSR de ADN nuclear (Inter Secuencias Simples Repetidas por sus siglas en inglés). Resultados clave: Los marcadores moleculares revelaron alta diferenciación genética entre las poblaciones de Jalisco y Michoacán, la cual se atribuye a la baja conectividad entre estas. Posiblemente se deba a la baja capacidad de dispersión a larga distancia de las semillas y el polen. Se detectó flujo genético moderado y expansión demográfica reciente en las poblaciones de Michoacán. Los niveles de variación genética en las poblaciones de Michoacán concuerdan con la edad de los flujos de lava, siendo Arocutín y Zacapu las poblaciones más diversas sobre los flujos de lava más antiguos. Conclusiones: Los resultados podrían explicarse por el origen relativamente reciente, producto de la actividad volcánica del Holoceno, de los ambientes en los que habita esta especie, sumado a la perturbación recurrente relacionada con grandes asentamientos prehispánicos de Michoacán.

Abstract: Background and Aims: Individuals of Balmea stormiae (Rubiaceae) are trees or hemiepiphytic shrubs that inhabit pine-oak forests on rock outcrops in disjunct populations of Central America and Mexico. The species is considered endangered and especially the populations of Michoacán have been reported as exposed to strong anthropogenic pressures. For this reason, in this study the genetic diversity of four populations of Michoacán was estimated, contrasting this information with that obtained from one population of Jalisco, both regions located in west-central Mexico. Methods: Samples were collected in five populations in the western region of the Trans-Mexican Volcanic Belt. The chloroplast rps16 intron, the external transcribed spacer of ribosomal DNA (ETS) and seven Inter-Simple Sequence Repeats of nuclear DNA (ISSR) were used to assess genetic diversity. Key results: Molecular markers revealed high genetic differentiation between the populations from Jalisco and Michoacán, attributed to the low connectivity amongst them, probably due to the low long distance dispersal capacity of seeds and pollen. Moderate genetic flow and demographic expansion were detected for populations in Michoacán. The degree of genetic diversity in Michoacán populations are consistent with the age of lava flows, whereby Arocutín and Zacapu are the most diverse populations located on the oldest lava flows. Conclusions: Results could be explained by the relatively recent origin, resulting from Holocene volcanic activity, of the environments in which the species inhabits, coupled with the recurring disturbance related to large pre-Hispanic settlements.

Resumen Aplicamos un enfoque de dominios ambientales para identificar las características ambientalmente heterogéneas que definen una matriz del paisaje. Construimos capas ambientales a 3 escalas, nacional, regional y local, para considerar las diferentes escalas que pueden tener distintos estudios. Utilizamos una clasificación numérica jerárquica para datos espaciales y una clasificación multivariada. Con base en los dominios obtenidos, construimos mapas de heterogeneidad ambiental y determinamos las variables asociadas para cada escala. Probamos específicamente la idoneidad de nuestro enfoque para definir estrategias de muestreo para estudios de genética del paisaje, usando como especie focal al roedor Heteromys pictus. Así, de los dominios obtenidos en la escala local seleccionamos sitios de muestreo que incluyeran la más amplia heterogeneidad del hábitat, los cuales corroboramos en campo. La matriz del paisaje que generamos fue utilizada con datos genéticos previamente obtenidos para H. pictus. Nuestro protocolo nos permitió identificar variables significativamente asociadas con la dispersión (flujo génico) de los individuos en su hábitat natural. Demostramos así su pertinencia para definir eficientemente localidades de muestreo (matriz del paisaje) que abarquen la mayor heterogeneidad ambiental, en paisajes explorados e inexplorados, e identificar de forma rápida localidades y sus características ambientales en sitios con poca información previa.

Abstract We apply an environmental domains approach to identify environmentally heterogeneous characteristics defining a landscape matrix. We built environmental layers for national, regional, and local scales, considering the different scales studies can have. We used a numerical classification of explicit spatial layers and performed a multivariate classification. Based on the domains obtained, we mapped the landscape’s climatic heterogeneity and identified a comprehensive set of environmental variables that defined the landscape matrix at each scale. We specifically tested our approach for its suitability to define a sampling strategy for a landscape genetics study, using as focal species the rodent Heteromys pictus. Namely, from the domains obtained at the local scale, we selected sampling localities that comprised the broadest habitat heterogeneity, which we corroborated in the field. The landscape matrix thus generated was used with genetic data previously obtained for H. pictus. Our approach allowed identification of environmental variables significantly associated with dispersal (gene flow) of H. pictus individuals in their natural habitat. We demonstrate its adequacy to efficiently determine sampling localities -or landscape sites- that encompass the highest environmental heterogeneity, in explored and unexplored landscapes, enabling rapid identification of localities and their environmental characteristics where in situ information is scarce.

Resumen Introducción: La estimación de la conectividad en corales escleractinios, como P. verrucosa, dentro de una red de áreas marinas protegidas (MPA) preestablecidas es fundamental para garantizar la efectividad en su conservación e incrementar su resiliencia. Objetivo: Determinar la estructura genética y la conectividad entre los demes de P. verrucosa dentro del Golfo de California, y evaluar el papel y efectividad de la red preestablecida de áreas marinas protegidas. Métodos: Se evaluó la conectividad de P. verrucosa en cinco locaciones a lo largo del golfo incluyendo tres MPA usando seis marcadores microsatélites. Resultados: Se demostró que existe estructura poblacional adjudicada a la presencia local y heterogénea de individuos clones (F ST = 0.108***); pero al removerlos del análisis, los individuos de origen sexual conformaron una metapoblación en panmixia (F ST = 0.0007 NS). Así mismo, se identificaron 10 potenciales migrantes en la región con una dispersión promedio de 116.57 km (± 80.47 SE) y sin conexión entre localidades extremas. De relevancia, se identificó la importancia ecológica del área central o Bahía de La Paz y MPA Archipiélago Espíritu Santo, como fuente larvaria de corales a toda la región. Además, se determinó que el espacio inter-MPA fue mayor que la distancia de dispersión promedio larvaria mencionada, por lo que sería de importancia ecológica el establecimiento de MPAs intermedias que favorezcan la conectividad a distancias cortas. Conclusiones: Los resultados encontrados en el estudio son pertinentes y contribuyen como línea base para los tomadores de decisiones y autoridades, proporcionando la conectividad de la región para establecer las estrategias de protección apropiadas, sugiriendo aumentar la conservación de las subpoblaciones centrales, la cuales promueven la resiliencia metapoblacional de P. verrucosa ante factores ambientales y/o antropogénicos.

Abstract Introduction: Estimates of contemporary connectivity of the broadcast spawning coral Pocillopora verrucosa between multi-use marine protected areas (MUMPAs) are required to assess MUMPA effectiveness and their ability to enhance resilience against disturbances. Objective: To determine the genetic structure and connectivity patterns between P. verrucosa demes inside the Gulf of California and evaluate the role and effectiveness of established MUMPAS in their protection and resilience. Methods: We assessed P. verrucosa connectivity along its peninsular range (∼350 km), including five locations and three MUMPAs in the Gulf of California using six microsatellite genetic markers. Results: Population structure was significant (F ST = 0.108***) when demes included clonal replicates; however, when these clones were removed from the analysis, the sexual individuals comprised a metapopulation panmixia (F ST = 0.0007 NS). To further understand connectivity patterns, an assignment test was carried out which identified ten recent between-deme migrants with a mean dispersal distance of 116.6 km (± 80.5 SE). No long-distance dispersal was detected. These results highlight the ecological importance of the Bahía de La Paz region, including Archipiélago de Espíritu Santo MUMPA. This region, located at the center of the species peninsular range, exports larva to downstream sink demes such as the Loreto (northwardly) and Cabo Pulmo (southwardly) MUMPAs. Of importance, inter-MUMPA spacing was larger than the mean larval dispersal by ~56 km, suggesting thar the designation of intermediate ‘no-take’ zones would enhance short-distance connectivity. Conclusion: This study contributes as a baseline for policymakers and authorities to provide robust strategies for coral ecosystem protection and suggest that protection efforts must be increased towards peninsular intermediate reefs to promote metapopulation resilience from natural and anthropogenic factors.

Abstract This manuscript reviews the mechanisms that contribute to the production of the autism spectrum disorder (ASD), especially the genetic and immunological components. Knowing the participating elements and mechanisms are essential to establish preventive measures and look for early markers. The ASD can have subtle or devastating manifestations, and exerting immunomodulatory actions could be useful in the management of these patients. There seems to be different environmental insults that may act as triggers in genetically predisposed subjects; these insults can promote an inflammatory response in which interleukin-6 could participate actively at the level of neural stem cells and progenitors. The degree of involvement in neurogenesis and astrogenesis, and therefore, the observed clinical spectrum will depend on two facts that alter the neural circuits, including the brain region that loses proper input or output connectivity due to abnormal migration of a group of neurons, and the astrocytic survival.

Resumen Este manuscrito revisa los mecanismos que contribuyen a la producción del trastorno del espectro autista (TEA), especialmente los componentes genéticos e inmunológicos. Conocer los elementos y mecanismos participantes es fundamental para establecer medidas preventivas y buscar marcadores tempranos. El TEA puede tener manifestaciones sutiles o devastadoras, y ejercer acciones inmunomoduladoras podría ser útil en el manejo de estos pacientes. Parece haber diferentes agresiones ambientales que pueden actuar como desencadenantes en sujetos genéticamente predispuestos; Estas agresiones pueden promover una respuesta inflamatoria en la que la interleucina-6 podría participar actuando activamente a nivel de células madre neurales y progenitores. El grado de implicación en la neurogénesis y la astrogénesis, y por tanto, el espectro clínico observado, dependerá de dos hechos que alteran los circuitos neuronales, incluida la región del cerebro que pierde la conectividad de entrada o salida adecuada debido a la migración anormal de un grupo de neuronas, y la supervivencia astrocítica.

SUMMARY: Araucaria angustifolia is one of the main species of the Mixed Ombrophilous Forest and has been threatened by extinction. Additionally, a low number of regenerating individuals can be seen in forest remnants. For these reasons, this study aimed at evaluating the functional structure of Canoas River Basin (state of Santa Catarina, Brazil) using landscape ecology metrics, and at verifying whether or not the proximity between remnants is compatible with this species displacement of the main dispersers. Thus, a landscape structure analysis was performed using metrics of area, shape, edge and connectivity of habitat fragments based on satellite images. Landscape metrics were related to maximum distances of displacement of dispersers and to effective dispersion distance based on a genetic estimate derived from secondary data. Results indicate that Canoas River Basin has natural vegetation cover in 19.6 % of its territory and is highly fragmented. A total of 80.8 % of the fragments have an area smaller than 50 ha. The proximity between patches concerning the mean displacement of dispersers (87 m) is zero for 100 % of fragments. The proximity is zero in 43.5 % landscape, considering the effective seed dispersion based on the genetic estimate of dispersion distance. Therefore, the connectivity between fragments is very low, which may justify the fact that this species is often not found in the regenerating components of forest inventories.

RESUMEN: Una de las principales especies de los bosques mixtos, Araucaria angustifolia, está en peligro de extinción y también tiene un bajo número de individuos en regeneración. Por estas razones, el objetivo de este estudio fue evaluar, a través de métricas de ecología del paisaje, la estructura funcional de la cuenca del río Canoas, SC, Brasil, y verificar si la proximidad entre los remanentes es compatible con el desplazamiento de los principales dispersores de la especie. Para esto, se utilizaron métricas de área, forma, borde y conectividad de fragmentos de hábitat, utilizando imágenes satelitales. Las métricas del paisaje se relacionaron con las distancias máximas de desplazamiento de los dispersores y con la distancia de dispersión efectiva de la estimación genética, derivada de datos secundarios. Los resultados obtenidos indican que la cuenca del río Canoas tiene una cubierta de vegetación natural en el 19,6 % de su territorio y está altamente fragmentada, con un 80,8 % de los fragmentos con un área menor a 50 ha. La proximidad entre los remanentes en vista del desplazamiento de los dispersores (87 m) es nula para el 100 % de los fragmentos. Considerando la medida efectiva de dispersión de semillas a partir de la estimación genética de la distancia de dispersión, en el 43,5 % del paisaje la proximidad es nula. Se puede concluir que la conectividad entre fragmentos es muy baja, lo que puede justificar el hecho de que la especie a menudo no se encuentre en los componentes regenerativos de los estudios forestales.

Resumen Como primer paso para establecer la estructura genética del erizo de mar Echinometra lucunter lucunter a lo largo del Caribe, se aislaron 26 microsatélites usando secuenciación de extremo pareado (Next Generation Sequencing, NGS) Illumina. Se optimizaron exitosamente 17 marcadores y se probó su variación alélica en 23 individuos recolectados a lo largo del mar Caribe y en Cabo Verde, Atlántico oriental tropical. El número de alelos por locus (Na) fluctuó entre cuatro y 24, la heterocigosidad observada (Ho) entre 0,682 y 1 y la heterocigosidad esperada (He), entre 0,609 y 0,9304. No hubo desequilibrio de ligamento entre los pares de locus detectados. Los microsatelites aislados e identificados se usarán por primera vez para detectar la influencia de las barreras marinas en el flujo génico del erizo E. lucunter lucunter a lo largo del mar Caribe. Estos nuevos marcadores serán esenciales para la conservación y los estudios de conectividad a través del mar Caribe y el océano Atlántico, área donde se distribuye la especie.

Abstract As a first step to establish the genetic structure of the sea urchin Echinometra lucunter lucunter throughout the Caribbean Sea, 26 microsatellite loci were isolated using Illumina paired-end sequencing, Next Generation Sequencing (NGS). We successfully optimized 17 loci for genotyping and the variation tested for 23 individuals from the Caribbean Sea and Tropical Eastern Atlantic Ocean. The allele number per locus (Na) ranged from four to 24, the observed heterozygosity (Ho) from 0.682 to 1, and the expected heterozygosity (He) from 0.609 to 0.9304. We detected no linkage disequilibrium between pairs of loci. These microsatellites will be used for the first time to detect the influence of marine barriers to genetic flow in the sea urchin E. lucunter lucunter throughout the Caribbean Sea. These new validated markers will be essential for current conservation and connectivity studies across the Caribbean Sea and the Atlantic Ocean.

Abstract: Alexandrium catenella is the main species that form harmful algae blooms (HABs) in southern Chile. Since its first record in 1972 in the Magallanes region this species apparently has increased its range distribution from south to north. In this study, we investigate the influence of the range expansions distribution on the A. catenella populations genetic diversity and structure. This was achieved by isolating 33 clones from different localities along the Magallanes and Aysén region which were genetically characterized with Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLPs) molecular markers. Results showed a latitudinal genetic diversity gradient from the south to north populations. Inter-populations genetic divergences were low but significant between both geographically close and distant populations. Results indicated that the genetic diversity differentiation could be generated by a founder effect, which is expected in populations that have expanded their distribution range. On the other hand, low levels of genetic divergences between distant populations seems point out that high gene flow occurs along coast of the Pacific Ocean, but also, seems hints the connectivity route between the Magallanes and Aysén populations i.e., the vegetative cells dispersion among populations, would occur through coastal Pacific coast and Boca del Guafo. Finally, the high values of multilocus linkage disequilibrium found between closer population of Aysén indicates that divergence could be influenced along with the reproductive dynamic of the vegetative cells.

Resumen: Alexandrium catenella es la principal especie que forma floraciones algales nocivas (FANs) en el sur de Chile. Desde su primer registro en 1972 en la región de Magallanes, esta especie aparentemente ha aumentado su rango de distribución desde el sur hacia el norte. En este estudio, se investiga la influencia de la expansión del rango de distribución en la diversidad y estructura genética de las poblaciones de A. catenella. Para ello se aislaron 33 clones de diferentes localidades a lo largo de la región de Magallanes y Aysén, los que se caracterizaron genéticamente con marcadores moleculares AFLPs (acrónimo ingles de Amplified Fragment Length Polymorphism). Los resultados mostraron un gradiente de diversidad genética latitudinal, siendo mayor en poblaciones del sur respecto a las del norte. La divergencia genética fue baja pero significativa entre poblaciones geográficamente cercanas y distantes. La diferenciación de la diversidad genética podría haberse generado por un efecto fundador, esperable en poblaciones de especies que han expandido su rango de distribución. Por otro lado, los bajos niveles de divergencias genéticas entre poblaciones distantes parecen evidenciar un alto flujo de genes a lo largo de la costa del Océano Pacífico, pero también parece mostrar una ruta de conectividad entre las poblaciones de Magallanes y Aysén (i.e., que la dispersión de células vegetativas entre poblaciones de Magallanes y poblaciones internas de Aysén, ocurriría a través de la costa del Pacífico y Boca del Guafo). Finalmente, los altos valores de desequilibrio de ligamiento multilocus indicaron que la divergencia también pudo haber sido influenciada por la dinámica reproductiva de las células vegetativas.

RESUMEN Objetivo. Estimar parámetros genéticos para peso a los ocho meses de edad (W8M), edad al primer parto (AFC) y primer intervalo entre partos (FCI) usando parentesco genómico y por pedigrí. Materiales y métodos. Se utilizaron 481, 3063 y 1098 registros fenotípicos para W8M, AFC y FCI, respectivamente. La información genómica estuvo compuesta por una población de 718 animales genotipados con un chip que incluyó 30106 marcadores genéticos tipo polimorfismo de nucleótido simple (SNP). Modelos univariado y bivariado fueron construidos bajo la metodología del mejor predictor lineal insesgado convencional (BLUP) y genómico en una etapa (ssGBLUP). Resultados. Las heredabilidades para W8M, AFC y FCI variaron desde 0.25 a 0.26, 0.20 a 0.22 y 0.04 a 0.08, respectivamente. Los modelos de AFC y FCI con la metodología ssGBLUP disminuyeron ligeramente el error y aumentaron la varianza genética aditiva, respectivamente. Conclusiones. La inclusión de información genómica mejora levemente la precisión de las estimaciones genéticas en esta población. Sin embargo, una población de animales genotipados más grande y con mayor conectividad genética por parentesco permitiría aumentar para los criadores el potencial de la metodología ssGBLUP en ganado Simmental de Colombia.

ABSTRACT Objective. To estimate genetic parameters for weight at eight months of age (W8M), age at first calving (AFC) and first calving interval (FCI) using pedigree and genomic relationship. Materials and methods. Phenotypic data on 481, 3063 and 1098 animals for W8M, AFC and FCI were used, respectively. The genomic information came from a population of 718 genotyped animals with a density chip of 30,106 single nucleotide polymorphism markers (SNP). Univariate and bivariate models were used under the conventional (BLUP) and single step genomic best linear unbiased predictor (ssGBLUP) methodologies. Results. The heritabilities for W8M, AFC and FCI ranged from 0.25 to 0.26, from 0.20 to 0.22 and from 0.04 to 0.08, respectively. The AFC and FCI models under ssGBLUP slightly decreased the error and increased the additive genetic variance, respectively. Conclusions. The inclusion of genomic information slightly increases the accuracy of the genetic estimates in this population. However, a larger amount of genotyped animals and with a higher genetic relationship connectivity would allow breeders to increase the potential of the ssGBLUP methodology in Colombian Simmental cattle.

Resumen: Desde 2012 la raza Limousin se encuentra en proceso de desarrollo de la evaluación genética poblacional. Dichas evaluaciones genéticas son una herramienta eficiente para seleccionar reproductores, y para las mismas es necesario contar con identificación de efectos ambientales, parámetros genéticos y niveles aceptables de conexión entre cabañas. Los objetivos de este trabajo fueron la determinación de los efectos ambientales fijos más relevantes de las características en la evaluación genética, y estimar el grado de conectividad entre cabañas. Los registros productivos y genealógicos fueron extraídos de la base de datos de la evaluación genética de la raza Limousin por medio del Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria. Se dispuso de mediciones objetivas para las características peso al nacimiento (916 datos), destete (818 datos), los 18 meses (438 datos), área del ojo de bife (435 datos) y espesor de grasa subcutánea (435 datos) para 2012, 2013, 2014, 2015 y 2016, correspondientes a cuatro cabañas. Los resultados indican que los efectos ambientales considerados presentaron significancia estadística (p<0,05), y las cabañas se encontraban conectadas entre sí con valores promedio de varianza del error de predicción (pevd) y ranking de conectividad (cr) igual a 113,9 y 7,9, respectivamente. Se concluye que los efectos ambientales fijos más relevantes fueron año, sexo, cabaña, edad al destete y edad a los 18 meses, y que las cabañas se encontraban conectadas con valores bajos de conectividad.

Abstract: Genetic evaluations are an efficient tool to select sires, and for them it is necessary to have identification of environmental effects, genetic parameters, and acceptable degree of connectedness between herds. Evaluation of Limousin breed genetics has been developing since 2012. The objectives were to determine the most relevant fixed environmental effects of the characteristics in the genetic evaluation and to estimate the degree of connectedness between herds. The productive and genealogical records were extracted from the Limousin genetic evaluation database of the National Institute of Agricultural Research. Objective measurements were available for the characteristics birth weight (916 records), weaning (818), 18 months (438), ribeye area (435), and 12th-13th rib fat thickness (435) for 2012, 2013, 2014, 2015 and 2016 corresponding to four herds. The results showed that the fixed environmental effects considered presented a significant value (p<0.05), and that herds were connected to each other with average values of prediction error variance (pevd), and connectedness rating (cr) of 113.9 and 7.9, respectively. Concluding that the most relevant fixed environmental effects were year, sex, herd, age at weaning and age at 18 months, and that herds were connected with a low connectedness degree.

Resumo: A raça Limousin desde 2012 está em processo de desenvolvimento da avaliação genética de sua população. Estas avaliações genéticas são uma ferramenta eficiente para selecionar os criadores, e para o mesmo, é necessário identificar os efeitos ambientais, parâmetros genéticos e níveis aceitáveis de conexão entre os rebanhos. Os objetivos deste trabalho foram determinar os efeitos ambientais fixos mais relevantes das características na avaliação genética e estimar o grau de conectividade entre os rebanhos. Os registros produtivos e genealógicos foram extraídos do banco de dados de avaliação genética da raça Limousin pelo Instituto Nacional de Pesquisas Agrícolas. Medidas objetivas estavam disponíveis para as características de peso ao nascer (916 dados), desmame (818 dias), 18 meses (438 dados), área do olho de bife (435 dados) e espessura da gordura subcutânea (435 dados) para 2012, 2013, 2014, 2015 e 2016 para quatro rebanhos. Os resultados indicam que os efeitos ambientais considerados foram estatisticamente significativos (p<0,05), e as cabanas foram conectadas entre si com valores médios de variância do erro preditivo (ped) e ranking de conectividade (cr) iguais a 113,9 e 7,9, respectivamente. Concluímos que os efeitos ambientais fixos mais relevantes foram ano, sexo, rebanho, idade de desmame e idade de 18 meses, e que os rebanhos estavam conectados com baixos valores de conectividade.

Resumen La variación genética entre las poblaciones insulares y continentales de las hormigas cortadoras de hojas ha sido poco estudiada, a pesar de su importancia para comprender su capacidad de dispersión, estructura regional y distribución de una de las especies más abundantes en el Neotrópico. Objetivo: Analizar la variación genética de una población insular de Atta cephalotes en un contexto regional más amplio para América Central y del Sur. Métodos: Se secuenció el gen de la Citocromo oxidasa I de A. cephalotes para las poblaciones de la isla Gorgona y el continente para realizar un análisis de la varianza molecular, flujo de genes, así como para calcular el tiempo de divergencia de los haplogrupos que se encuentran en la isla. Se realizó una prueba de asignación de individuos para estimar la conectividad genética espacial y la distribución de esta hormiga en el Pacífico Oriental Tropical. Resultados: Un total de 33 muestras de la isla y el continente colombiano se compararon con 389 secuencias de A. cephalotes registradas en Genbank para América Central y Suramérica. Esta hormiga cortadora de hojas en la Isla Gorgona está estrechamente relacionada con el continente colombiano a pesar de que la separación entre la isla y el continente probablemente constituya una barrera para el flujo de genes. Es probable que dos de los haplogrupos más comunes en el continente llegaran a la isla recientemente. Por lo tanto, no se puede excluir la influencia antropogénica en el proceso de colonización de la isla por parte de esta hormiga cortadora de hojas. Un mapa de conectividad muestra que esta población tiene límites geográficos que se superponen en gran medida con una región biogeográfica dentro del Pacífico Oriental Tropical. Esta población trans-andina acumula el 23 % de la diversidad de herencia matrilínea de A. cephalotes. Conclusiones: Esta hormiga cortadora de hojas en la isla Gorgona y el Pacífico colombiano está estrechamente relacionada con la población centroamericana y toda esta región alberga un segmento significativo de la diversidad genética de A. cephalotes de Suramérica.

Abstract Introduction: The genetic variation between island and mainland populations of leaf-cutter ants have been poorly studied, despite its importance to understand their local dispersion, regional structure, and the distribution of one of the most abundant species in the neotropics. Objective: To analyze the genetic variation of an insular population of Atta cephalotes in a larger regional context in Central and South America. Methods: The Cytochrome Oxidase I gene of A. cephalotes was sequenced for the Gorgona Island and mainland populations in order to conduct an analysis of molecular variance, gene flow, and to calculate divergence time of haplogroups occurring in the island. An individual assignment test was conducted to estimate the spatial genetic connectivity and the distribution for this ant in the Eastern Tropical Pacific. Results: A total of 33 samples from the island and the Colombian mainland were compared to 389 Genebank accessions ofA. cephalotes from Central and South America. This leaf-cutter ant in the Gorgona Island is closely related to the Colombian mainland, despite that the separation between the island and the mainland likely constitute a barrier to gene flow. It is likely that two of the most common haplogroups on the continent arrived on the island recently. Therefore, the anthropogenic influence in the process of colonization of the island by this leaf-cutting ant cannot be excluded. A map of connectivity shows that this population has geographic limits that largely overlap with a biogeographic region within the Eastern Tropical Pacific. This trans-andean population accumulates 23 % of the maternally inherited diversity of theA. cephalotes. Conclusions: This leaf-cutter ant in the Gorgona Island and the Colombian Pacific is closely related to the Central American population and the whole region harbor a significant segment of A. cephalotes genetic diversity in South America.

ABSTRACT The pattern of the genetic structuring of marine species result from the relationship between homogenizing and structuring factors, together with historical and contemporary processes. Dispersal potential has been described as a homogenizing factor, corroborated by the connectivity paradigm, which states that high dispersers show low or no genetic differentiation. In contrast, biogeographic breaks and oceanic currents have an important role in limiting or enhancing connectivity, being structuring factors. We studied this relationship in Arbacia spatuligera, a subtidal echinoid with a planktonic larval stage, which is distributed along the Southeastern Pacific (SEP). The SEP is divided into two biogeographic provinces with an Intermediate Area between both them, which is delimited by two biogeographic breaks (~30° S and 40°-42° S). Moreover, much of the SEP coast, from ~42° S to 6° S, it is influenced by a complex system of marine currents known as the Humboldt Current System (HCS). Using molecular tools (mtDNA COI) we assessed the genetic diversity and structure of A. spatuligera and inferred its demographic history. Analyses showed that along ca. 3.200 km A. spatuligera has no genetic structure signals, has an unexpected low genetic diversity and a signal of recent demographic expansion dated ~33000 - 47000 years ago, probably related to the Marine Isotope Stage 3 (MIS3) climatic events. Our results support the hypothesis that dispersal potential is a determining factor of the phylogeographic patterns in the SEP, probably influenced by HCS. We propose that A. spatuligera is a high disperser.

RESUMEN El patrón de estructuración genética de especies marinas es resultado de la relación entre factores homogeneizadores y estructurantes, junto con procesos históricos y contemporáneos. El potencial de dispersión es descrito como un importante factor de homogeneización, corroborado por el paradigma de conectividad, que propone que altos dispersores mostrarán una baja o nula diferenciación genética. En contraste, los quiebres biogeográficos y corrientes oceánicas tienen un papel importante en limitar o facilitar la conectividad, siendo factores de estructuración. Hemos estudiado estas relaciones en Arbacia spatuligera, un equinoideo submareal con un estadio larvario planctónico, distribuido en el Pacífico Sudeste (PSE). El PSE se divide en dos Provincias biogeográficas con un Área Intermedia entre ambas, delimitada por dos quiebres biogeográficos (~30° S©2019 The author(s). Gayana ©2019 Universidad de Concepción. This open access article is distributed under the terms of the Creative Commons Attribution-NonCommercial y 40°-42° S). Además, gran parte de la costa del PSE, desde ~42° a 6° S es influenciada por el Sistema de Corrientes de Humboldt (SCH). Utilizando herramientas moleculares (ADNmt COI), determinamos la diversidad y estructura genética de A. spatuligera e inferimos su historia demográfica. Los resultados mostraron que a lo largo de ~3.200 km A. spatuligera no presenta una señal de estructuración genética, posee una inesperada baja diversidad genética y una señal de expansión demográfica reciente (~33000 - 47000 años atrás), probablemente relacionada con los eventos climáticos de la etapa 3 de Isótopos Marinos (MIS 3). Nuestros resultados apoyan la hipótesis del potencial de dispersión como un factor determinante de los patrones filogeográficos en el SEP, probablemente influenciado por el SCH. Proponemos que A. spatuligera es un alto dispersor.

Resumen Las especies de peces en Colombia están sujetas a procesos de sobrepesca, introducción de especies exóticas, deterioro de hábitat y fragmentación de ecosistemas, con la consecuente pérdida de conectividad que limita el flujo genético y pudiera llevar a las poblaciones a la extinción. En el presente trabajo se analizó la estructura genética poblacional de Brycon henni, un pez de importancia económica y ecológica, en cuatro cuencas de la región Andina colombiana, mediante el uso de diez marcadores microsatélites en 60 muestras de los ríos Risaralda (RR), Campoalegre (RC), Riofrío (RRf) y Chinchiná (RCh). Se encontró un total de 136 alelos. Con excepción del marcador BoM12, todos fueron altamente informativos y polimórficos y en todos se presentó desviación significativa (P < 0.05) del equilibrio Hardy Weinberg. En RC se observó el mayor número de alelos (81), Número promedio de alelos (8) y alelos privados (34), además una HE de 0.689 ± 0.05. En general, hubo un marcado déficit de heterocigotos con respecto a la población total (FIT = 0.562), dentro de las subpoblaciones (FIS = 0.526) y moderada, pero altamente significativa estructura genética (FST = 0.07). Según la distancia estándar de Nei, la población más divergente fue la del RC con un k = 4, se encontró tendencia a cuatro poblaciones ancestrales. Los resultados sugieren que el flujo genético entre poblaciones naturales de B. henni es limitado, lo cual puede tener efectos negativos sobre su conservación. Los resultados sugieren que las poblaciones pueden estar alcanzando valores críticos de baja densidad, lo cual pone en riesgo su conservación.

Abstract Fish species in Colombian Andes are subject to processes of overfishing, exotic species invasions, habitat loss, ecosystems fragmentation and low connectivity that limits the genetic flow and leads populations to loss genetic variability and extinction. Genetic variation of B. henni from four basins of the Colombian Andean region (Risaralda, Campoalegre, Riofrío and Chinchiná) was analyzed using ten microsatellites in 60 samples. A total of 136 alleles were found. Except BoM12, all markers were highly informative and polymorphic and presented a significant deviation (P < 0.05) from Hardy Weinberg Equilibrium. There was a marked deficiency of heterozygotes (FIS = 0.526). In Campoalegre river basin, the largest allele number, average allele number and private alleles were observed (81, eight and 34 alleles, respectively) and HE 0.689 ± 0.05. Moderate and highly significant genetic structure was evidenced (FST = 0.07). According to the standard distance of Nei (1972), population from Campoalegre River basin was the most divergent. This results suggest that genetic variability of the B. henni in the studied basins may be affected by critical low population density, river pollution and overfishing.

RESUMEN El objetivo de este estudio fue estimar parámetros genéticos con y sin la inclusión de parentesco genómico para la producción de leche acumulada a 60 (PL60), 150 (PL150), 210 (PL210) y 305 días (PL305) en ganado Simmental en Colombia. Un total de 2883 controles lecheros en 620 vacas de primer parto fueron utilizados. La información genómica se obtuvo a partir de 718 animales genotipados con un chip de una densidad de 30106 marcadores genéticos tipo polimorfismo de nucleótido simple (SNP). Se construyeron modelos de tipo univariado y bivariado bajo la metodología del mejor predictor lineal insesgado (BLUP) y genómico en una etapa (ssGBLUP). Los valores de heredabilidades para PL60, PL150, PL210 y PL305 variaron entre 0,20 a 0,27; 0,25 a 052; 0,30 a 0,35 y 0,20 a 0,23; respectivamente. La inclusión de parentesco genómico no aumentó las heredabilidades y tampoco la precisión de las estimaciones para las características asociadas a producción de leche. La escasez de información fenotípica y la baja conectividad genética entre la población genotipada y no genotipada podrían limitar procesos de selección genética para producción de leche a través del ssGBLUP en la población de ganado Simmental de Colombia.

ABSTRACT The aim of this study was to estimate genetic parameters with and without the inclusion of genomic relationship in cumulative milk production of Simmental cattle in Colombia for 60 (MP60), 150 (MP150), 210 (MP210) and 305 (MP305) days. A total of 2883 test records from 620 cows in first lactation were used. The genomic information was obtained from 718 animals genotyped with a commercial chip with a density of 30,106 single nucleotide polymorphism (SNP) genetic markers. Univariate and bivariate models were used under the conventional best linear unbiased predictor (BLUP) and the single step genomic BLUP (ssGBLUP) methodologies. The heritability estimate values for MP60, MP150, MP210 and MP305 ranged from 0.20 to 0.27, 0.25 to 0.52, 0.30 to 0.35 and 0.20 to 0.23, respectively. The use of the genomic relationship did not increase heritabilities nor the accuracy of estimates for milk traits. The lack of phenotypic records and the low genetic connectivity between genotyped and non-genotyped populations could limit the genetic selection procedures for milk production via the ssGBLUP in Colombian Simmental cattle.

Abstract: Since the term was coined in 2003, landscape genetics (LG) is a field that integrates population genetics, landscape ecology, and spatial analytical techniques to quantify the effects of landscape on microevolutionary processes. Despite the growing interest in LG, there is little knowledge about the trends in LG research for America in general and regarding mammals in particular, as well as about which ecosystems are being most studied. Deserts represent nearly one-third of the Earth’s surface and are characterized by high heterogeneity and species richness. However, they are underrepresented in the LG literature. Hence, we performed a thorough review of published scientific articles addressing LG of mammals in America, with emphasis on deserts. The objectives were to 1) determine the mammal groups that have been most studied; 2) establish the representation of desert ecosystems; 3) describe the research questions and analytical methods most frequently used; and 4) summarize the key landscape factors and environmental variables associated with genetic diversity and structure patterns of mammals in America. We conducted a comprehensive literature search of published articles between 2003 and 2019 in the Web of Science (http://apps.webofknowledge.com) based on search words specific to the revision subject. We verified and screened the articles recovered, and gathered basic information (species, authors, publication year), together with the research questions addressed and the genetic and statistical methods used. We recovered 36 publications on LG involving mammals in America; of these, only eight were conducted on desert ecosystems (Table 1). Rodentia was the most represented order in all American ecosystems (n = 20), while Artiodactyla (n = 4) was specifically represented in deserts. Of all studies, the most common research questions focused on estimating ‘connectivity’ (n = 14) and ‘genetic structure’ (n = 12), and the most frequent analytical methods were Mantel and partial Mantel tests. Dispersal capabilities and vegetation cover were the most important variables regarding the genetic structure of desert populations. Most studies evaluated connectivity with simple and partial Mantel tests, but the use of novel methodologies (i. e., genomics) was also identified. Ecological traits of species, particularly for rodents, and vegetation cover were the main factors related to genetic patterns in deserts. Notably, we identified that North America is the most studied region, while LG studies with mammals are scarce in Mexico and South America (one study encompassed North and Central America), as well as in desert ecosystems, hence the urgency to conduct studies in those regions and in deserts.

Resumen: La genética del paisaje (GP) integra conceptos y herramientas de la genética de poblaciones, ecología del paisaje y estadística espacial, para cuantificar los efectos de la matriz del paisaje en los procesos microevolutivos. Los ecosistemas de desierto están caracterizados por una alta heterogeneidad y riqueza de especies; sin embargo, están poco representados en la literatura de GP. Los objetivos de la presente revisión fueron: 1) conocer los grupos de mamíferos más estudiados, 2) determinar la representatividad de los ecosistemas desérticos, 3) describir las preguntas más frecuentes y los métodos y análisis utilizados, 4) resumir los principales factores del paisaje y del ambiente asociados con la diversidad y estructura genética de los mamíferos de América. Realizamos una búsqueda exhaustiva de estudios publicados sobre GP con mamíferos en ecosistemas de América (2003-2019, en Web of Science). Recopilamos información de referencia (especies, autores, año de publicación), y preguntas de investigación, aproximaciones metodológicas y análisis estadístico-espaciales. Obtuvimos 36 publicaciones, ocho desarrolladas en ecosistemas desérticos (Tabla 1). El orden más representado en ecosistemas de América fue Rodentia (n = 20) y en particular en desiertos fue Artiodactyla (n = 4). Del total de trabajos, las preguntas enfocadas a estimar ‘conectividad’ (n = 14) y ‘estructura’ (n = 12) fueron las más estudiadas, y los análisis más utilizados se basaron en pruebas de Mantel (simple y parcial). La capacidad de dispersión y la presencia de vegetación fueron variables clave. Aunque predominó la evaluación de conectividad mediante análisis de correlación entre matrices de distancias y pruebas de Mantel, identificamos el uso de metodologías novedosas, como la construcción de redes genéticas y demográficas a partir de matrices de resistencia. Cabe resaltar que las variables ecológicas de las especies, en particular de roedores, y la cobertura vegetal fueron clave en desiertos. Finalmente, identificamos que Norteamérica es la región más estudiada, mientras que existen pocos trabajos de GP con mamíferos en México y Sudamérica (un trabajo abarcó Norteamérica y Centroamérica) y en ecosistemas desérticos, por lo que es urgente realizar estudios en dichas regiones y en desiertos.